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                                                          韓家淮課題組利用SWATH-MS研究LPS通路中複合物的動態變化

                                                          發佈時間:2019-03-15來源:网易彩票點擊數:440

                                                          2019310號aaa,細胞應激生物學國家重點實驗室、廈門大學网易彩票韓家淮課題組在Molecular & Cellular Proteomics雜誌發表了題爲“Quantification of dynamic protein interactions and phosphorylation in LPS signaling pathway by SWATH-MS”的研究論文aaaaa,本文用SWATH-MS定量質譜技術系統性地研究了LPS信號通路中關鍵蛋白TRAF6MyD88NEMO複合物中的動態蛋白相互作用和磷酸化aaaaa,揭示了在LPS刺激下Myddosome複合物中IRAK家族蛋白存在不同的招募速度aaa。

                                                          LPS(脂多糖)是細菌細胞膜外膜一個主要的成分aaa,其會被哺乳細胞的受體TLR4識別aaaaa,並激活細胞內一系列信號通路aaaaa,導致促炎細胞因子的釋放aaaaa。LPS/TLR4信號通路已經研究多年aaaa,其中大部分關鍵的作用蛋白已經被鑑定aaaa,但是仍有一些問題尚未解決aaaa,比如複合物的動態組裝是如何實現以及複合物中關鍵作用蛋白相對比例是多少aaaaa。爲了解決這些問題aaa,我們擬利用SWATH-MS技術去定量分析LPS信號通路中的關鍵蛋白複合物aaaa。爲了純化蛋白複合物aaaaa,我們分別建立了Flag-knockin TRAF6Flag-knockin MyD88和在NEMO敲除細胞中回補Flag-NEMO這三株RAW 264.7細胞系aaaa。我們利用LPS分別處理這三株細胞系十個時間點aaa,然後用免疫親和純化(immunoprecipitation)的方法獲得蛋白質複合物aaaa,並用SWATH-MS分析這些樣品aaaa。


                                                          我們在30-40IP樣品中定量到2500-3000個蛋白aaa,除此以外aaa,我們在這些樣品中鑑定到2000個左右的磷酸化位點aaaaa。從這些定量數據中aaaa,我們成功地獲得了所有的已知LPS信號通路中關鍵蛋白的動態變化信息aaaa。SWATH-MS結果顯示aaaa,IRAK家族蛋白在招募到MyD88上時aaaaa,有明顯的時間先後之分aaaaa,且與現有的報道不同aaaa。我們還分析了Myddosome中關鍵蛋白TIRAPMyD88的比列aaaa,顯示MyD88:TIRAP約爲5:1aaaa,表明MyD88在複合物中以多聚的形式存在aaaa。此外aaaaa,我們還鑑定到關鍵蛋白上的一系列磷酸化位點aaa,發現NEMO上一個未報道的磷酸化位點aaaa,此位點的突變會影響NEMO激活NF-kB的能力aaaa。

                                                          綜上aaaa,該研究系統地分析了LPS中蛋白複合物中關鍵蛋白動態變化和蛋白間的比例aaaa,且鑑定了一系列未報道的磷酸化位點aaa,爲後續的LPS信號通路研究提供了豐富的資源aaa。

                                                          廈門大學博士後吳秀榕爲文章的第一作者aaaa,通訊作者爲韓家淮教授和鍾傳奇副教授aaaaa。

                                                          原文鏈接:https://www.mcponline.org/content/early/2019/03/07/mcp.RA119.001380

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